世界上，有无数多个有着不同的维度和物理常数的平行宇宙，如同珠宝一般彼此分离，串联起它们的长绳是“灵魂”。“灵魂”在这些宇宙中不断穿梭、循环，赋予其内的生物以自我意识与思维能力，使其成为智慧生灵。然而在上古时期，我们所在的这个宇宙中，其与其他宇宙进行灵魂循环的通道发生毁坏，灵魂逸散于虚空之外，智慧生灵出生后不具有自我意识，沦为仅靠本能存在的生物。为了改变现状，挽救灵魂，古地球的智慧生灵进行了波澜壮阔的灵魂修补工程。他们穿越到了另一个宇宙中。那个宇宙是一个尚未开化的玄幻宇宙，文化未有，修炼体系未成，一切都处于迷蒙状态之中。要怎样，才能探索出这片宇宙的真理?要怎样，才能修补回宇宙之间的灵魂通道?灵魂修补工程，一个跨域两个宇宙、历史上最为波澜壮阔的生灵自救故事。