男主因为人格分裂，发现世界的运行由三个组织掌控，不可一世的他在挑战三个组织时发现自己的身边除了妈妈，其他人都是假的。他的鲁莽使他加入了一个叫做追光者的组织，认识了女主（矩灵组的解码者）后，在不知情的情况下帮女主设下了局，使女主成为了矩灵组的编码者。破坏了其他两个组织的熵减计划，推翻了中央核心的“克隆人行动”。然而就在好人即将胜利时，追光者原形毕露原来他们追的是熵减计划的光，过去就要改变时男主放弃了自己的主人格阻止了熵减，追光者回归本心，认清现实，世界也恢复真实。