第三次冲击即将发生之际，天空中飞下卡西乌斯长枪，初号机随即被沉默。想要给予碇真嗣幸福的迷之少年真能给予其新的救赎吗？与此同时，作为欧洲方面援兵到达第三新东京市的少年为何要囚禁NERV人员？碇司令究竟在和SEELE做着什么不可告人的交易？尚未重建完成的第三新东京市真的能抵挡陆续苏醒的最强使徒们吗？少年少女们能否接受支离破碎的现实并重新振作？旧日使徒真的被消灭了吗？各国政府真的会放任NERV支部一家独大吗？本作旨在描述消失的十四年（破，Q）中发生的故事，其中也不乏会加入作者个人的创作。