已在明中叶一百多年时间里深受儒家文化熏陶并创造出自己思想文化传统的广东人，再也不自视为南蛮之人。他们可以与最为顶尖的理学家谈道论学，也可以与文坛巨子酬唱往还。伴随着讲学之风式微的，是文学之风兴起，广东诗社鼎盛。嘉靖至明末，广州府城的诗社大大小小十多个，其创始人，或多或少都与西樵山有联系，西樵也成为后来广东文人士大夫的避乱栖身之所。
另外一个重要的社会变化是，从明代中叶开始，广东地方出现了乡村军事化的趋势。黄萧养起义爆发之后，明廷无法镇压，不得不求助于地方豪强，一部分村镇在地方士绅的率领下，迅速形成了地方军事组织，与黄萧养起义军进行了殊死对抗。黄萧养起义被镇压后，随之而来的是地方秩序的重整以及地方权力的重新分配。著名的佛山镇便是在这场动乱中坚决地站在朝廷一边，作为回报，他们的神灵得到了封祀，地方豪强对地方的控制力也进一步扩大。
南海的九江也和佛山一样，利用山川之险，参与了对黄萧养的镇压。黄萧养进攻广州不克，四散劫掠，由水路进攻九江。九江人镇守礼山、马山、镇山，败之。黄萧养死后，礼山更名“忠良山”，九江也得到了丰厚的回报。景泰元年，明代宗赐南海九江为“儒林乡”。由于动乱不断，盗匪横行，广东乡村军事化的现象在明清之际达到顶峰，地方村落广建寨围以求自保，形成“无乡不寨”的特点，极大地增强了地方武装的实力。
西江捕捞鱼苗的人是疍民，明廷将他们强制编入户籍，征收鱼课米。但沿江的大量疍户都参与了黄萧养的起义活动，在起义失败之后，这些疍民纷纷逃亡，脱离了明廷的户籍控制，到了弘治年间，疍户逃亡殆尽，课税无从着落，在这种局势下，两广制台刘大夏奉旨召九江民承西江两岸鱼埠，自封川至高明五、六百里，鱼埠八、九百。自此，九江乡人就垄断了鱼花的捕捞权，从此形成了一股非常大民间势力。