之后在12到16世纪长达400年的时间里，克罗地亚王国同时受匈王指派的总督（英语：BofCro）与克国自己的议会所管理。
在此期间，东方的奥斯曼帝国正崛起扩张，西方威尼斯人一直想夺取亚得里亚海沿岸的控制权，克罗地亚倍受威胁。
时至1428年，威尼斯已获得达尔马提亚大部分地区的控制权，唯受奥斯曼保护的杜布罗夫尼克例外（后来该市发展成了拉古萨共和国，成了当时亚德里亚海唯一能与威尼斯匹敌的城邦）。
1463年，奥斯曼征服了克国邻近的波斯尼亚全境，与克国相接壤，后对其发动侵略战争（英语：dredYers'Cro–OoWr），于1493年的克尔巴瓦原野战役（英语：BleofKrbvFeld）与1526年的摩哈赤战役中彻底打败了克匈联军，匈王拉约什二世本人也在1527年死于摩哈赤。
由于畏惧奥斯曼的统治，克罗地亚贵族议会于1529年宣布归顺奥地利的哈布斯堡王朝，承认斐迪南一世为新的克国统治者，作为交换，斐迪南一世必须对抗奥斯曼帝国，同时要尊重克国人的政治权益。
哈布斯堡王政至奥匈帝国时期由于奥斯曼帝国军的连捷胜利，奥地利当局于1538年将克罗地亚一分为二，分作平民区与驻军区，后者由帝国政府派遣的军事长官控制，居民都被武装了起来、协助奥军。
1593年，奥斯曼在锡萨克战役（英语：BleofSsk）中败于克罗地亚，这是前者近百年来的扩张战争中遭受到最惨重的失败之一，两国在边境地带的力量也转为均势。
连年与奥地利的战争使奥斯曼帝国的国势趋弱，在1667至1698年的
“大土耳其战争”期间，奥军收复了斯拉沃尼亚和大部分原克罗地亚领土，但仅剩波斯尼亚仍在奥斯曼控制之下，这个结果进而造成现在波克两国的边界划分。
南方的达尔马提亚也同样在第5与第7次奥斯曼帝国—威尼斯战争（英语：Oo–VeeWr(1714–18)）中决定了其归属。
与奥斯曼的战争对克罗地亚的人口结构造成强烈的冲击，许多克人移民到奥地利，现今奥国布尔根兰州的克人即是当时移民者的后裔。
为了取代这些逃亡的克人，哈布斯堡王室呼吁波斯尼亚和塞尔维亚的东正教徒移入克国的驻军区，特别是在1690和1737至1739年之间，塞尔维亚人迁入克国达到最高峰。
在奥斯曼撤军后，这些居民并未离去，就成了日后克国境内的塞族聚集地——克拉伊纳（英语：Krj）。