1941年德国入侵南斯拉夫后，这个国家很快便被分成了几块。新的克罗地亚傀儡国家将斯洛文尼亚从南斯拉夫的剩余领土中分离出来。
1941年4月12日，希特勒决心将一个斯洛文尼亚国家划分入德国、意大利和匈牙利的版块。
一个斯洛文尼亚全民大规模的抵抗运动（RESSCEOVEE）导致了自由阵线（LBEROFRO）的成立，这个阵线的任务是统一斯洛文尼亚的领土，拒绝任何用武力破坏斯洛文尼亚国家的计划。
由于共产主义者在军事抵抗中的领导作用，斯洛文尼亚人很快便分裂了。
卢布尔雅那地区和合作纳粹，民族内部一场残酷的斗争开始了。在1943年年末，同盟国承认斯洛文尼亚游击队是他们和法西斯斗争的盟友。
同年，自由阵线在科切夫耶（KOCEVJE）组织了一个斯洛文尼亚代表大会，通过了一个让重新获得自己海岸线的斯洛文尼亚团结在一个新的南斯拉夫联盟内的决议案。
和纳粹合作的斯洛文尼亚人直到战争末期也不能达到消灭游击运动的目的，随后被排除出国家生活。
英国将逃往卡林提亚的战败的和纳粹合作的斯洛文尼亚军队引渡给南斯拉夫军队，这些军队中的绝大多数人均被南斯拉夫军队处决。
在1945-1990年期间，斯洛文尼亚是另一个南斯拉夫联盟（FEDERLYOSLV）中的一个独立的社会主义加盟国（SOCLSREPBLK），并享有独立的权利。
在巴黎和平会议后，斯洛文尼亚于1947年加入了斯洛文尼亚海岸地区组织，在1954年的伦敦备忘录，成为除的里雅斯特外的里雅斯特自由贸易区的成员。
斯洛文尼亚以及南斯拉夫的西部边界标志着欧洲的集团划分，而它和匈牙利的边界标志着真正的
“铁幕”（ROKR）。尽管南斯拉夫最初的权力最大限度地集中在共产党人手中，斯洛文尼亚加强了它自身的民族文化和教育制度和其后的经济独立。
要求斯洛文尼亚独立的声音从临近斯洛文尼亚的国家中的斯洛文尼亚裔的少数民族（人口约为斯洛文尼亚本国人口的10%）以及迁移到外国的斯洛文尼亚人（约占斯洛文尼亚本国人口的20%）发出来。
为了维持和世界上各处的斯洛文尼亚人的联系，斯洛文尼亚对它的邻国的斯洛文尼亚裔人和本国的海外移民实行着独立的政策。