对李自成来说，最为迫切的问题，是如何安置杨肇基，西宁军的七大百户，百户官比较稳定，无论能力如何，至少暂时没有异心，不可能更换他们，给杨肇基让位。
而杨肇基原来是甘州总兵官，二品武官，现在的西宁军中，自己这个掌舵人才是小小的千户官，实在无法安置杨肇基。
左思右想，李自成决定给杨肇基一个甘肃都指挥使的职务，至于品级，倒是没有明说，总不能高过自己。
甘肃都指挥使并不属于战兵序列，而是地方上的最高武官，实际上就是预备役的武官。
杨肇基的职务，是和甘肃军镇的军事设计一脉相承的。
未来甘肃镇，并不包括西宁府，但视情形，有可能将三川府容纳进去，甘肃镇的驻军，常备军维持在一个极低的水平，甚至不要常备军，但必须让大量的壮丁做为预备役，随时为西宁军提供兵源补充。
预备役交给杨肇基打理，他们亦军亦民，平日正常参加农务，为军镇生产粮食，只是在农闲时节，每年安排一到三个月的时间，按照西宁军的训练方式接受操训，掌握西宁军的基本军律，随时可能补充为正式的西宁士兵。
由于甘肃镇并非防守重点，在现在的每个卫里，留下五十名士兵做为常备军，有一名总旗官负责，将来甘肃立省，这些士兵就转为各个府县的捕快衙役。
西宁军的七大百户，除了要驻守各个要点要冲外，这次北伐战争结束之后，将进入新的整顿、扩军和操训期，特别西宁步枪的推广，现在虽然数量不足，无法大量配备，但士兵们必须先行受训，免得到时间有了步枪，士兵却不会使用。
李自成原本准备七大百户并不驻扎甘肃，想了想却又不放心，甘肃毕竟是新占领的土地，民心军心一时未必归附，必须驻扎自己的士兵。
最后决定将整个甘肃镇一分为二，北部由驻扎北川县的军队代管，南部是重点，由驻扎三川府的百户代为管辖，直接驻军。
对于甘肃镇现有的大量士兵，李自成早就盘算过了，一旦占领了整个甘肃镇，李自成准备开始新一轮的扩军，甘肃镇能给西宁军提供大量的粮食，而且地盘也是大大增加，与朝廷决战的风险越来越大，扩军实在必行。
新一期的扩军，李自成计划将现在参与作战的三个百户，扩充至千人以上，真正的千户编制，三名百户官也将升职为从千户；另外，驻守北川县的秦大年的第三百户，目前只有六个总旗，三百余士兵，这一次至少要扩充到十个总旗，五百人以上。
此外，李自成准备将自己的亲兵，扩充到五十六人，一个总旗的编制，何小米也将成为真正的亲兵总旗官。
这样扩充以后，西宁军传统的七大百户，将有三个百户达到千余士兵，四个百户达到五百人以上，总兵力超过五千，基本上是大明立国初年一个卫的编制。