李自成亦下令，要学唐军的火器建军模式，开始组织国中技术人员，开始进行军械研究。准备也要与唐军一样，在火器方面大力研发，全面提升军队的火器作战能力，争取不至于落后唐军太多，最好能达到与唐军形成勉强的火器力量平衡。
而在唐军这边，诸如调派新任命的朝廷官员，安置新得地区的百姓，恢复当地的生产生活秩序，加紧整编训练新编的两镇兵马的工作，皆已是有条不紊的进行。
而除了这些之外，李啸决定，还是按原计划，下达了对整个西南地区的改土归流工作。
改土归流是指改土司制为流官制，始于明朝中后期，是指将原来西南地区统治少数民族的土司头目废除，改为朝廷中央政府派任流官。
简而言之，改土归流就是把少数民族土司管理的方式改为政府官员管理方式。土司即原民族的首领，流官由朝廷中央委派。改土归流有利于消除土司制度的落后性，同时加强中央对西南一些少数民族聚居地区的统治。
改土归流，自明代中叶以后便逐步开始。它是在土官与封建王朝的矛盾日益尖锐的情况下产生的。这个矛盾，唐、宋以来就长期存在。随着社会生产力的不断发展，土官制度越来越不适应社会的需要。
与此同时，土官又日益与朝廷闹对立，反对朝廷对它的管辖。这种有损于国家统一的行为，明王朝自然是不能容忍的。于是“改土归流“是势在必行。
而明朝的做法，其实是比较缓和的。如遇到土官绝嗣、土官之间互相仇杀或叛乱被平定、土官犯罪革职等.当地的土司制度即被废除，改由流官接任。
饶是如此，由于明王朝的举措，基本是与土司利益为对立面，故各地多有叛乱。其中，最大规模的便是乌蒙土司的叛乱，当然，最终亦被朝廷顺利镇压。
借鉴到明王朝的相关经验，李啸决定，在西南地区开始的改土归流工作，要根据土司具体情况，分成三大部份，分别对待并开展。
由于西南地域广阔，土司众多，李啸并没有急于求成的对所有的土司，来个一刀切的粗暴推进，而是首先将土司分成三个部分。
第一部分，是势力较小，兵马薄弱，但却与唐军关系较好，甚至在唐军征战西南，加入唐军或辅助唐军作战的当地土司。对于这部分土司，李啸决定，暂不对他们进行改土分流工作，而是继续保持原状。希望以这种方式，让这些土司继续维持与自已的友好关系。
这部份的土司改土归流工作，李啸打算最后进行，甚至在统一全国之后，再进行亦无不可。
第二部分，则是势力一般，兵马不多，与唐军关系也一般，在唐军攻伐西南时，采取中立态度的当地土司。李啸给他们限了一年的时间，准允他们逐步改进，让他们最终同意进行改土归流，让朝廷派驻官员，来代替一直实施的土司制度。
而第三部分，则是势力较大，兵马也多，但是却与唐军关系不佳，曾站于唐军对立面，后来却被迫臣服的当地大土司。对于这些土司，李啸决定首先拿他们开刀，要他们立刻整改，改土归流，不可违抗，以达到擒贼先擒王的效果。
于是，在李啸的密令下，西南各地的唐军各镇兵马，赶在朝廷召令前，悄悄来到了那些可能反叛的大土司之处驻扎安顿。