经济方面的改革固然困难重重，但只要有决心，有能力，说实话还是可以进行下去的。但针对军队的改革可就不同了，这绝对是奥斯曼帝国历次改革的禁区，甚至是死亡雷区，一着不慎就有可能出大事！
但易卜拉欣够胆，在素丹穆罕穆德三世的支持下，首先拿著名的耶尼切里军团开刀。
他核查各支部队的薪金名册，遣散了大量不能履行战斗职责的军官和士兵，然后从贫穷的安纳托利亚高原招募了大批能吃苦耐劳的农民取代这些人。此外，原先征召工匠到部队临时服役的制度也取消了，因为这其中存在大量的舞弊行为，很多所谓的工匠基本啥也不会，纯粹吃空饷。
通过这一系列大刀阔斧的改革，历次战争中一度膨胀到六万五千人的耶尼切里军团总人数飞速下降，目前已不足三万人，几乎砍了近半的人数。但经过裁撤的军团战斗力却不减反增，因为原来的六万多人里，据说真正能战斗厮杀的不过就一两万多，其他都是摇旗呐喊凑人数的。
斯帕西骑兵也得到了整顿，大量不合格人员被剔除，吃空饷的军官被处死或流放。易卜拉欣请求素丹免除了斯帕西骑兵的许多税收，让他们有一定的经济能力招募家臣和侍从。招募来的家臣和侍从集中起来，交由桑贾克贝伊训练，训练期间费用由政府支付。
易卜拉欣还特别要求，斯帕西骑兵的各级军官不得因为索贿无果而开除属下，这在过去一个世纪里是非常普遍的行为，屡次遭整顿，但过后总是又死灰复燃。
易卜拉欣还试图重建疲软的海军。这同炮兵一样，是个比较现代化的兵种，与齐国人的联系非常紧密，不少军官都有过汉洲留学经历，总体而言比暮气沉沉的陆军要强太多了，但其相较于周边的威尼斯和俄国海军（俄国在里海有一支精悍的舰队）而言，实力明显差一大截。
易卜拉欣以克里特岛为抵押，从齐国的地中海联合商业银行贷款一百万元，除了从齐国定制数艘新锐风帆战舰外，还拿出部分资金与齐国北方造船厂达成合资协议，在伊斯坦布尔建了一座新型造船厂，并且聘请大量齐国造船工程师，准备建造了大量适合地中海实际海况的风帆战舰，以取代那些越来越不合时宜的以桨为动力的战船。
规划中的海军舰队将被分成若分舰队，每个分舰队由一个贝伊管理，负责指挥辖下舰船，确保每个人都能领到军饷并接受专业而严格的训练，每艘船有充足的军火和物资供应，从而要一举解决了几十年来困扰海军的几个难题。
在齐国人的强烈建议下，易卜拉欣同意成立联合舰队总参谋部，帝国海军总司令的几个主要助手、高级将领和参谋长都进入了这个机构。在他们之下，海军事务由多层级的指挥系统来安排，买卖官职的行为被严厉禁止，所有空缺的职位都必须凭能力和经验从低职衔人员中选拔，以前那种从其他系统空降一个外行人过来担任高级军官的行为再也不被允许了。
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