完成机构调整之后，朱由检除了在九月七日批准李永贞辞职外，便没有什么大动作。每日里像以前一样处理吏部、兵部事务，对其它事情不闻不问。似乎真的不在意魏忠贤和阉党掌权，对此毫无动作。
不过皇帝不急，却有他人心急。徐应元急着取代魏忠贤不说，被阉党大臣打发去南京当通政使的杨所修，也加快和党羽串联，准备攻击阉党。
九月九日，重阳节，朱由检又一次召开常朝。
看着减少了很多的常朝官员数量，朱由检满意地点了点头。三百多人在中极殿，总算不显得那么拥挤。而且六部五寺和都察院六科的官员数量差距不大，能够相互制衡。这离朱由检理想的常朝会议相差不远，让他非常满意。
常朝开始之后，首先是吏部上报各部门机构调整的进展。这不是编制上的整合那么简单，还需要移交公务、搬迁衙署。尤其是五寺分散在京城东西，远不像承天门前的五府六部那么集中，兵部车驾司和礼部祠祭司、精膳司想要搬迁过去，要做的事情不少。
朱由检听着汇报，觉得都搬过去太过麻烦，更何况寺和司曾经互改，直接在五寺下面辖司肯定不行。所以朱由检斟酌了一会儿，说道：
“衙署能不搬迁的就不搬。”
“朕以为各寺内部，可以设置总署和分署，由正四品少卿或正五品寺丞亲掌，在其它地点独立办理公务。”
“太常寺可以设置祠祭总署，管理各陵墓、坛庙的祠祭署，以及神乐观等。”
“设置祭祀总署，确定祭祀规格和祭祀章程，规范各地乡贤祠、名宦祠、生祠、宗祠等祠堂，以及家庙、文庙、关庙、岳庙、城隍庙、土地庙、山神庙、河神庙、龙王庙、妈祖庙等庙宇。打击邪神淫祀，严格禁止活人祭祀、残伤肢体等行为。”
“设置宗教总署，管理道教、佛教、回回教，以及从西方新传过来的天主教等宗教。规范宗教场所、宗教章程、宗教典籍、宗教学校、教职人员等方面，监视各宗教的动向，探查打击邪教。”
“改四夷馆为翻译总署，在蒙古、女直、西番、西天、回回、百夷、高昌、缅甸八馆之外，增设拉丁语等西语馆、南洋馆、朝鲜馆、日本馆等。该总署由礼部和翰林院共管，共同培养通事、翻译各地典籍。”
调整了太常寺的机构，朱由检越想越觉得太常寺非常重要，宗教、祭祀在这个时代影响力非常大，翻译也是十分重要的事情，他打算用这个部门实现一些谋划，引领思想文化。
所以他同时规定了，有宗教信仰的官员不能在太常寺担任高级官员，避免干扰祭祀、影响宗教政策。
太仆寺和光禄寺比较简单，很容易完成调整：
“太仆寺可设置车驾总署，管理车驾事务，原库房、草场不用改动地点。”
“设立马政总署，管理各牧监，统计各地行太仆寺和苑马寺的马匹数量、战马数量、种马数量，引进优化马种等。”
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