于是为了避免魏忠贤等人还有卷土重来的机会，崇祯帝又谕示兵部：“朕御极以来深思治理，而有逆恶魏忠贤擅窃国柄，蠹盗内帑诬陷忠直，草菅人命，很如狼虎。本当肆市，以雪众冤姑从轻降发凤阳。不思自惩，将素蓄亡命之徒身带凶刃，不胜其数环拥随护，势若叛然。令锦衣卫官旗扭解押赴，跟随即时擒奏。”
已经失势但还未被抓捕的李永贞听闻崇祯帝最新上谕后，立刻斥巨资雇募信使，向魏忠贤通报，结果才走到河间府阜城县的魏忠贤得信后自知性命难保，便与同行的李朝钦在阜城南关客氏旅店痛饮至深夜四更，然后一起上吊自杀了。
魏忠贤死后，之前遭到严厉整肃的东林党犹有不平，便请旨对魏忠贤家人进行清算。
崇祯帝便命人将客氏鞭死在了浣衣局，魏忠贤的侄子魏良卿、客氏的儿子侯国兴、侄子客光先等在阉党得势时高官得坐、骏马得骑的魏氏、客氏亲眷也一一被抄家拿问，最终先后处死、暴尸街头宫中的王安余党更是深恨魏忠贤，便怂恿崇祯帝将魏忠贤肢解，悬头于河间府城头之上。
得到魏忠贤自杀、客氏被杀且魏氏、客氏子弟也被拿下的消息，崔呈秀自知性命难保，便“列姬妾，罗诸奇异珍宝，呼酒痛饮，尽一卮即掷坏之，饮已自缢”了。
崔呈秀自杀的消息刚刚传到北京，时任户部四川司郎中加贵州布政司右参议的刘应过便揣摩上意，上了一封言天下六大苦的奏疏，这六大苦是“诸臣逮系、诸臣狱死、诸臣追赃、仕涂去就、新进禁锢、廷臣被劫”。
鉴于这“六大苦”都是阉党的所作所为，于是为了进一步收拢朝野反阉党人士的忠心，崇祯帝便又下了一道施恩于下的敕书，这封敕书中说道：“巨恶魏忠贤窃先帝之宠灵，擅朝廷之威福，密结矫诬善类稍有触忌，肆行惨杀，数年蔑诬不知几许、削夺不知几许今魏忠贤、崔呈秀天刑已殛，臣民之愤稍舒而诏狱游魂犹郁、锢籍誉髦未伸，岂所以昭朕维新之治！今应褒赠，即与褒赠应荫恤，即与荫恤应复官，即与复官应起用，即与起用应开释，即与开释：勿致久淹，伤朕好生之意！”
诏书一下，反阉党人士欢欣鼓舞，直说崇祯帝是圣君明主。
被哄得高兴的崇祯帝随即下令廷推阁臣，组织排除阉党后的新内阁。
孟绍虞、钱龙锡、杨景辰、薛三省、来宗道、李立标、萧命官、周道登、刘鸿训、房壮丽、曹思诚等东林党及中立派人士被遴选其中，于是崇祯帝便进钱龙锡、杨景辰、来宗道、李标、周道登、刘鸿训等人同为礼部尚书兼东阁大学士，入阁办事