不过杨涟选定朱由校在九月初六登基后，他还被左光斗等东林党内部的同伙给骂了一顿，以至于杨涟挨完骂之后，还不得不乖乖的承认自己是完全没有预测到出现变局的可能，否则就应该在九月初一或九月初三就让朱由校登基的。
是的，万一西李联络某派反东林的势力实施政变怎么办？
夺门之变可不就是一个最鲜明的教训吗？
幸好东林党是自己吓自己，在防止出现第二个武则天实际是担心文臣的权利受到垂帘听政的皇太后的危险的问题上，三党和东林党是同一立场，所以三党并没有在朱由校即位问题跟东林党唱反调，自然也不会去勾结西李，来个翻云覆雨了
天启帝登基后，再一次打开内库，给九边及京营将士犒赏，以稳定军心又拨出大量的资金用来为泰昌帝修建帝陵至此，神宗积累下来的内库七百万两存银，已经一多半花光了，这就为接下来的再次加征辽饷，预设了伏笔。
除了犒赏军将官弁外，天启帝还立刻授意将泰昌帝的原太子妃郭氏及母亲王才人追封为皇后，也算是满足了王氏生前的遗憾。
而在加官进爵、遍撒金钱雨来安抚群臣的同时，天启帝开始了秋后算账。
首先，根据王安的意见，王国臣被要求退休、孟珙被发往了南京守灵，神宗晚年的四大秉笔，只剩下了邓先一人暂时还留在了司礼监。
而泰昌帝身边的田诏、崔文升、范通、孙相、陈尧臣、孙惟贤等十三名内监也被黜落。
西李身边的李进忠更是因为所谓的“盗宝案”遭到了残酷的对待其中还发生了一个小小的插曲，杨涟上疏说李进忠不应该在天启帝身边伺候，这显然是把两个李进忠搞错了，所以天启帝便命令李大个子恢复了本姓，今后此人会被暂时称为魏进忠。
接下来，根据杨涟等人的上疏，天启帝开始就红丸案发难。
作为向泰昌帝奉献红丸仙丹的罪魁祸首，鸿胪寺寺丞李可灼被命令养病回籍。
之所以只是受到如此轻的处罚，是因为，东林党人的主攻目标是方从哲，而与方从哲一起带走李可灼进宫的韩爌此时一言不发，根本不为方从哲解释，方从哲只好一而再再而三的上疏请求辞职回乡养老。
根据大明官场的游戏规则，在多次挽留以示对首辅大臣的尊敬后，方从哲最终在当年十一月“主动致仕”还乡了，东林党人由此顺利的搬倒了这块如鲠在喉的大石头，接下来，他们会向三党及其他反对派发起总攻，以达成由他们掌握朝局的目的。
但在攻击方从哲的风暴边缘，熊廷弼也受到了东林党人的集火攻击，很快熊廷弼的经略一职为东林党人袁应泰所取代，但袁应泰只有嘴炮，而无实际办事能力，偏偏还听不进劝，如此一来辽事就愈发的无可救药了