而合并太常寺和礼制院、恢复礼部，就是为了设立司农寺腾编制。
马士英最关心的是人事问题，所以他第一时间问道：“陛下，那礼部尚书、侍郎的人选？”
朱由崧告知道：“原礼制院院使李永茂为礼部尚书、礼制院副使万元吉为礼部左侍郎、原翰林院侍读学士周祚新为礼部右侍郎，其余司官以下由原太常寺与礼制院郎中、员外郎、主事、都事中捡练；司农寺正卿由原太常寺正卿毕懋康出任，原通政院副使苏观生出任司农寺少卿；至于周祚新、苏观生的遗缺，内阁与吏部会商后，报与朕知即可。”
由于李永茂、毕懋康、万元吉等人相当于都是原职留任，因此没占到便宜的马士英倒也不怎么失望只要内阁中其他大学士没有趁机占便宜就好因而也不反对朱由崧的调整计划：“臣以为陛下这番调整还是有必要的，毕竟礼制院多少有些不伦不类，而司农寺也的确有存在的必要。”
孙传庭也不反对朱由崧对中央机构进行微调，只是问道：“陛下，那礼部与司农寺的分管还是维持原样吗？”
朱由崧回应道：“还是有左先生分管礼部，路先生分管司农寺！”
左懋第和路振飞齐声应道：“臣遵旨！”
钱谦益倒是先分管礼部的，但他又舍不得交出原本分管的部门，所以一声不响的坐着，没有支持、也没有反对。
分管工部的张国维则问朱由崧道：“陛下，司农寺若负责农田水利，那工部都水司是不是要加以裁撤和整顿！”
朱由崧笑了笑：“都水司今后主要负责大江大河的防汛工作以及疏通治理，所以都水司本身不必裁撤，但下属各曹要变动一二。”
张国维明白了：“是，臣稍后会与吏部协商如何更定建制的！”
“那就这么定了吧！”朱由崧斥退众人道。“内阁和吏部赶快着手安排，尽可能在明年春耕前把司农寺给筹办起来，也好方便推广农业改良，方便增收。”说到这，朱由崧又补充道。“旷卿记一下，钦天监的农技曹要划入司农寺，并且要升格为清吏司，另外渔业、牧业生产，司农寺也要着手管起来，只有农牧渔普遍都增收增产了，百姓的日子才会好过，大明的江山才能稳固，兹事体大，一定要做好了。”
见朱由崧把司农寺的成败与大明江山永固联系在了一起，马士英等人不敢怠慢，立刻跪倒道：“陛下放心，臣等一定把这件功在千秋的大事做好了······”