龙牙门方向：登陆岛屿的荷军主力于九月三十日下午出现在了龙牙门城下，并于同日夺取了郑家一把火烧掉的龙牙门港区和龙牙门城外商业区、仓库区；然后，这些荷军又马不停蹄在龙牙门城下布设围城壕沟及攻城炮发射阵地；龙牙门城守将施琅原本守备龙牙门的应该是郑森，但这不是朱由崧过五十圣寿嘛，作为安庆公主驸马的郑森就陪着妻儿上南京给朱由崧贺寿来了，目前一家人都不在南安藩比较冲动，便主动率兵出城阻击荷军挖掘封锁壕的行动，双方便围绕着封锁壕展开了一系列的战斗，荷军损失不小，但施琅这边损失更大，以至于打了两三天后，就无以为继，只能龟缩在不大的龙牙门城内等待命运的最后判决了······
新南安城方向：荷军于当年十月一日晚才完成了最终的登陆，十月二日开始，6000军包围了新南安城，并于十月三日深夜，初步完成了包围新南安城的第一道封锁壕沟，随即，荷军将部分运输船上的火炮卸下来运至前线荷军要同时攻击三座城池，因此携带的攻城炮不敷分配，就只能用部分舰炮代替攻城炮使用并以这些火炮对新南安城进行了猛烈的炮击，给守城郑家带来了极大的恐怖。
按下柔佛、龙牙门、新南安城的守军如何在荷军陆师的攻击下咬牙坚持不说，十月四日清晨，借着淡淡的海上薄雾，郑芝豹率领着作为郑家水师精华的主力舰队自新南安湾南口冲入了海湾之中。
荷军警戒船只几乎是第一时间发现了郑家主力舰队，并及时向海湾内停泊的荷军武装商船队进行通报，因此，当郑芝豹部冲向新南安港的时候，很快遭到了荷军舰队的阻击。
是役，荷军一共投入49艘2228炮武装商船、50艘812炮的运输船、1艘实际没有参战的双桅信报船，而郑家这边以12艘4044炮软帆船、28艘36炮大鸟船、39艘12炮同安船迎战，大体是荷军1100炮对郑军1980门炮，郑家主力舰队占据了绝对优势，但由于海湾内区域相对狭小，这么多船实际很难展开战列线，就只能捉对厮杀，因此，郑家一开始并没有能发挥炮多优势，反而被数量较多的对手给缠住了。
好在，部分凑数的荷军运输船实在不能打特别是其中的非欧洲船型不但船上装炮少，而且船只结构相对简陋、船壳的防护力也颇为不足所以，除了少数荷军运输船成功与还不习惯长程炮战、更喜欢跳帮作战的郑家舰船展开接舷战外，大部分的荷军运输船实际没有在战斗中坚持多久，就要么被击沉击毁，要么就仓皇逃跑了。
等到荷军运输船在海面上消失大半后，新南安湾的战局便豁然开朗起来······