第3舰队也是荷军的主力舰队，由97艘荷兰战船、荷兰武装商船和4艘双桅信报船组成，内中有包括11艘三*级战列舰、23艘巡航舰在内的34艘标准海军战船，以上这些荷兰战船护送着另外170艘运输船及船上18000余名陆师官兵进入马六甲海峡，然后会首先收复了马六甲港，再水陆并进，攻击龙牙门岛及周边岛屿······
明弘光十二年、西历1656年九月十一日，荷军第3舰队浩浩荡荡的驶入马六甲港外海，并于同日进行了对陆炮击及小艇登陆作战。
见到荷兰舰队铺满整个马六甲港外海，海量的荷兰陆军涌上陆地，柔佛苏丹根本不敢调兵迎战，于是在荷兰舰炮向马六甲陆地倾泻炮火的第一时间，便向内陆逃去，因此，荷兰人可以说兵不血刃的就占领了马六甲港。
占领了马六甲港后，荷军一面在港口重置炮台、要塞，一面又迅速扫荡周边地区，从土著口中抢夺粮秣、马匹，并随后以主力沿海岸线开往柔佛。
不过鉴于明军在夺取马六甲港及巴达维亚过程中表现出来的惊人战斗力，荷军陆师不敢轻易脱离舰炮的掩护，而受到行动相对缓慢的荷军陆师的牵累，荷军第3舰队只能亦步亦趋，未能迅速以主力扑向龙牙门一线。
相比相对缓慢的第3舰队，荷军第2舰队的行动速度就快了许多，当年九月十三日，该舰队便抵达了赛尔通岛以西地区，并在第二天上午07：00后，全力冲向桑吉尔岛东北的巽他海峡出口。
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荷军第2舰队发起进攻时，明军陆师根本没有来得及开到桑吉尔岛，因此在桑吉尔岛建设炮台阻敌的计划彻底化为了泡影其实朱由崧原本也没打算真正在桑吉尔岛建设炮台，只不过希望通过某些渠道让荷兰人产生畏惧迟疑心理，以便明军后续行动，但很显然，朱由崧的计划是失败了，荷兰人自持力量强大，不管不顾的实施了强行闯过巽他海峡的方案并且此时，朱由崧计划布置在巽他海峡入口处阻敌的30艘淮丙船中的26艘尚在途中，显然是来不及赶到并阻止荷军舰队冲入爪哇海了。
面对气势汹汹的荷兰舰队，明军仅有的4艘淮丙船拼死进行了一番抵抗，虽然明军拥有火炮质量上的优势，但4:41，其中对手还有12艘专业海军军舰的情况下，明军的抵抗只能是螳臂当车，最终，4艘淮丙舰在敌军炮火的围殴下，伤痕累累，就只能心不甘情不愿的在获得了击毁、重创敌军战舰3艘的情况下，退往苏门答腊东南角的吉打邦近海沙洲地区，并最后搁浅在沙洲上。
为了确保前装线膛炮的秘密不被荷兰人所掌握，4艘明军淮丙船上官兵含泪烧毁了自己的军舰，然后逃入苏门答腊岛暂避······