满清虽然认为俄国人是在虚张声势，但也不能完全排除俄国与大明、准格尔联手的可能，因此不得不在谈判中有所退让。
当年四月二十七日，满清代表团同意双方的西部边界以西萨彦岭的分水岭来划分；不过作为让步，满清要求其在叶尼塞河的领土北界定在巴拉赫塔堡南门外150尺处。
对于，满清的要求，丘霍诺夫伯爵的俄国代表团坚决反对，他们只愿意答应将俄国在叶尼塞河河谷的领地南界从巴拉赫塔堡以南100俄里处退缩回75俄里处，并不愿意见更多领地让与满清所有。
既然在叶尼塞河河谷的国土划分上存在严重分歧，双方便把谈判重点转移至东线。
此时，俄国方面故意向满清透露，明俄谈判也在进行之中的消息，为了避免俄国与大明结盟，为了促使俄国在明清之间保持中立，并未彻底放弃了俄清同盟希望的满清代表团决定在东线也适当让步，因此，五月七日当天，满清代表团同意勒拿河以东以北的全部土地属于俄国，俄国在勒拿河以南建立的哈尔巴托沃堡与安加拉河以东的马雷舍夫堡之间连线以北属于俄国，马雷舍夫堡与巴拉赫塔堡之间连线以北属于俄国。
俄国接到满清代表团最新方案后提出反建议：安加拉河以东至马雷舍夫堡之间所有贝加尔湖以西地区归属俄国，马雷舍夫堡与东萨彦岭分水岭的连线为清俄东部边境北段分界线，该连线以南为清国领土，以北为俄国领土，作为清国放弃该连线以北土地的回报，俄国可以在叶尼塞河河谷做出让步，再多予满清25俄里的国土。
至此双方的立场已经非常接近了，因此，又经过两天的谈判，双方最终在叶尼塞河河谷交换东段领土的问题上达成一致，满清同意按照俄国方案划定双方东部和西部边境，俄国则同意以巴拉赫塔堡以南25俄里处的横线，定为两国中段的边境线。
领土问题谈成后，清俄两国又就俄国境内布里亚特蒙古人、唐努乌梁海人的保护问题达成一致：俄国将在新京派遣东正教团体代行领事权，满清则在叶尼塞斯克进驻一个商务代表团代行领事权，今后，俄国人在满清境内要遵守满清法律，满清商人及布里亚特蒙古人、唐努乌梁海人、乌梁海人在俄国境内要遵守俄国法律，触发相应法律者要受到由代行领事权的外交代办参加的公平审判。
两国还就禁止对方国民进入自家领地进行偷猎、双边贸易等问题达成了一致；此外，两国还就共同阻止大明进军贝加尔湖以西地区达成了协议。
西元1654年、明弘光十一年、清顺治十二年五月十九日，清俄《巴拉赫塔条约正式签署，满清由此暂时稳定了北部疆域，但领满清尴尬的是，《巴拉赫塔条约签署完毕的第三天，新京就收到了明军进军科布多的噩耗······