按下还差最后一口气的无线电通讯不说，对于万世的回复，朱由崧沉吟了片刻，做出决定道：“去把刘肇基、张良相、宁虎给叫来！”
没隔多久，刘肇基三人出现在了朱由崧面前，就听朱由崧交代道：“将安汶作为南洋水师驻地，今后南洋水师负责婆罗洲东部和南部洋面、爪哇海、班达海等地海上防务；小琉球、琉球、济州为东洋水师驻地，原东洋水师改名北洋水师，依旧负责内鲸海、外鲸海、内鳄海、外鳄海的巡航、护航及对扶桑大陆的寻找；新设内洋水师及琼海水师，前者负责辽宁、畿东、山东、朝鲜东海岸的巡航，后者负责安南、南宁、广东沿海防务。”
不待三人应声，朱由崧继续言道：“原东洋水师陆战旅改为静海都司直属部队、南洋水师陆战旅改为横海都司直属部队、原北洋水师陆战旅纳入东洋水师序列；新南洋水师、新北洋水师、内洋水师、琼海水师则可另设一旅两团兵马；至于北洋、内洋及琼海水师战舰，当以继续以淮丙、淮戊、淮丁船为主，东洋水师、南洋水师则可加增必要数量之淮庚船，以备不时之需。”
刘肇基问朱由崧道：“陛下，静海、横海都司名下兵马是不是交由兵部统筹经费？”
朱由崧答道：“东洋、南洋、北洋三洋舰队依旧由御马监承担军费，但内洋、琼海两水师及鲸海、横海两都司名下兵马一并转给兵部统筹费用。”
说到经费的问题，朱由崧补充道：“今年兵部原本要再裁二千内镇兵马的，但考虑到相关增加的费用，可以安排兵部多裁撤一千至两千内镇兵马。”
刘肇基应道：“是，臣稍后会跟兵部确认。”
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即便裁掉4000内镇兵马，实际也填不上新增两个水师、两个都司的开销，但考虑到两个水师实际使用的是早先装备的船只和军械，兵部已经节约了大笔开销，所以，兵部就是想计较，也很难找出理由来的。
朱由崧目光转向宁虎：“宁卿，根据之前的战报，淮庚船的表现不错，但就泰西的有关消息来说，眼下的淮庚船还是船小炮少，因此想办法逐步加大舰体、增加炮位，且由各地船场再造十二只，八只编给东洋、四只编给南洋。”
之所以要再造12艘盖伦式战舰，一方面肯定是为了应对荷兰人可能的报复，另一方面也是为了下一阶段夺取菲律宾考虑，但这只是开始，未来，东南两洋水师会装备更多的夹板船，甚至北洋那边也会装备几艘小型盖伦式战舰备用的。
布置完兵备上的问题，朱由崧对三人说道：“日本最近可能有变，参军司要预做几个出兵计划出来备用，宁卿则对日本的情况比较熟悉，也一同予以参谋······”