八月底，浙南、赣南两地的多个州县爆发了士绅组织的武装暴动······
对于如惊涛骇浪一般的反对声浪和士绅作乱的严峻局面，根据朱由崧的旨意，早就做好准备的锦衣卫及各地明军迅速出击，对各地士子闹事及民变、**、起义进行了断然镇压军改的一个好处是，军队基本都是外地调来的，与当地士绅之间的关系尚未建立，所以，不存在留手的可能；当然，军队对本地不熟悉，也导致镇压的困难，但总体来说，还是利大于弊的！
截止到当年九月二十七日，各地明军和锦衣卫共报称出动407次，击杀被各地士绅教唆的乱民2000余人，另外抓捕了乱民27000余人，抄没涉嫌作乱的士绅730余家，缴获了超过15000顷的田土及40万两以上的财物这里要说明一点，各地明军的出动肯定不是自行其是，而是根据各道巡抚的请求出击的，所以，各种战斗都在巡抚的监督下进行的，因此，不存在杀良冒功的现象；此外，锦衣卫抄没的家财，抵扣了兵马出动的军费及将乱民流放海外的支出后，也所剩无几，故而，也不像像传言中描述的那样，肥了内库！
明军和锦衣卫之所以能将乱子迅速平定，其根本原因并没有出乎朱由崧的预料。
是的，各地农民眼下只要明廷不再加税就心满意足了，根本不在乎朝廷是否继续维持三饷及朝廷是否将三饷转化为正赋应该说，各地农民已经在官府和士绅的盘剥下麻木了，只要求能不饿死即可更不要说，朝廷还取消了对百姓来说，最难承受的徭役，所以，已经十分满足的各地农民并不愿意参加士绅发起的反抗，即便参加了，面对来势汹汹的明军，没有战意的他们多半也是一哄而散的，以至于所谓的暴动、起义看上去就是个笑话。
而大部分的士绅在经历了长达20余年的流寇战争后，早就吃够了苦头，也知道维持国家稳定对士绅的意义，所以，发泄了一会，见朝廷态度异常坚定后，很快就知趣的主动退缩了；至于地方官吏们则有名位和养廉银、养老银给吊着，即便内心并不认可朝廷加征商税、废止优免的政策，但也绝无动摇大明根基的想法。
士林这边就更简单了，真正不愁吃穿的士子就那几个，其他人跟着闹腾一番后，就在可能被撤销功名的威胁下果断退缩了；倒是那些一心“为民鼓吹”的官员有些令人头疼，但这种人，不管是聪明过头还是持身颇正，倒也不会掺和到作乱上面；那么剩下来的跳梁小丑，实际造成的威胁和损失就非常有限了······
当然，不是说民乱结束了一切也就结束了，为了避免某些势力动不动就阻挠朝廷施政，所以，朱由崧明松暗紧，依旧要求对内厂、东厂对幕后黑手进行严密侦查和持续深挖，所以，相关的涟漪还在持续扩大之中······