等马士英三人坐定后，朱由崧言道：“关于朝廷是否迁回北京一事，卿等是什么意见？”
孙传庭见马士英没有说话的意思，便第一个开口道：“臣以为，北方边防甚重，驻军也多，若以南京为首都，未免有外重内轻之嫌疑，所以臣主张朝廷要迁回北京去！”
张国维附和道：“臣也是这个主张，另外臣以为恢复北京人口及经济迫在眉睫。”
其余几人或对南北京谁为首都没有意见，就是附和孙传庭和张国维的说法，唯有马士英提出反对意见：“眼下朝廷拿不出钱来实施迁都，此外，北地是没办法满足北京城内生活需要的，便需要从南方运输，而漕河多年没有疏通了，运力肯定不足，这又是一大麻烦！”
去年二期北伐及后续救抚期间，主要是靠冰橇车沿冻结的京杭运河向北方运输物资的，当时觉得问题不是太多，但三月以后，运河解冻，无法再用冰橇车运输后，就发现运河淤塞、漕船很难北上的问题，而要保证未来首都需要，那么肯定要疏通运河，但这是要花大钱的。
此外，因为凤阳中都及明祖陵的存在，明代一直有保漕和保河的矛盾，所以，疏通运河又牵扯到河工，绝不是一件简单的事情。
孙传庭提议道：“海漕如何？”
马士英摇头道：“十万漕军及家属怎么办？”
朱由崧便道：“没有十万漕军了！”
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见众人愕然，朱由崧解释道：“当初为了方便将湖广、广西等地粮草运往郧阳和河南，曾分漕军一部至汉水，置汉水水师，这个水师目前虽然还在为狭西战事提供补给运输，但日后会整体划入内务府，负责汉水湘江珠江流域的运输，这部分差不多就三万多漕军及家属了！”
未来内务府会设置专门的船行跑国内内河航线，其中一条线就是从方城到珠江口的，所以便预定走了汉水水师，也算是解决了部分漕军生存问题。
马士英探问道：“陛下，那剩下七万漕军及家属怎么办？”
朱由崧回复道：“无论是否迁都，北地驻军也是需要南方漕粮的，所以朕决定河漕和海漕并举，并改官漕为商漕，今后太仆寺与漕商签署运输协议，规定损耗比和运费，然后直接在塘沽或通州接货即可。”
在朱由崧看来，官漕漂没的数量远远高于找个私人船队来运输了，所以他才要改官漕为商漕！
谢友青立刻提醒道：“陛下，不可将国家命脉尽数交托商人！”
谢友青自然是在跟朱由崧唱双簧，其中关键就是一个“尽”字，其实就是已经敲定了部分商漕的事。
对此，朱由崧回复道：“那是自然，内务府会吸纳部分漕军，组成漕队，承运一部分漕粮，籍此不使商漕有坐地起价之念······”