最后，虽然还有人继续“威武”不能屈其实文官集团天然拥护新设部门、增加官员编制，但个别人另有诉求也是可以理解的且这批人以给事中、御史为主，但声势大不如前，所以，朱由崧只当是败犬狂吠，根本不做理睬。
当年七月十七日，内阁正式向递交了《官制改革方案·京官部分，朱由崧第一时间予以批准；七月十八日，诏书送到六科，已经被当成叛徒的王灿成和吏科在诏书上副署，但其余各科则一致驳回了诏书，对此，朱由崧勃然大怒。
随即，内厂以贪腐、干预地方司法等罪名抓捕了礼科左给事中刘鳌及另外两名兵科给事中、一名兵科给事中、一名户科给事中。
朱由崧则以领导不力、放纵科员违法违纪为由，根据内阁的建议，免去了礼、兵、工、户等四科都给事中的职务，将他们派到地方去担任散州级别的知州。
要知道都给事中过去若是到地方任职，至少是四品起跳，运气好的还可以直接担任从三品的参政参议，现在只落一个从六品的散州知州，可谓下场惨烈。
有了前辈的前车之鉴，新任的各科都给事中、给事中们都噤若寒蝉，再也不敢对抗朱由崧了，由此，当年七月二十六日，《明定朝官新制诏正式颁布天下，弘光改制正式开始实施！
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既然一切都无法挽回了，那么朝臣们的兴趣重便转到了个人位置上，但朱由崧并不给各人相互串联游说的机会，以加速改制为由，暂停了廷推，直接以上命的形式任命：
张国维连任吏部尚书、沈犹龙为吏部左侍郎、杨维垣为吏部右侍郎；
张缙彦连任兵部尚书、樊一蘅连任兵部左侍郎、杜秀文为兵部右侍郎；
阮大钺为度支部尚书、练国事为度支部左侍郎、何楷为度支部右侍郎；
田仰为户部尚书、夏万亨为户部左侍郎、孙嘉绩为户部右侍郎；
袁继咸为工部尚书、何吾驺继任工部左侍郎、涂绍煃为工部右侍郎；
钱谦益为学部尚书、刘同升为学部左侍郎、越其杰为学部右侍郎；
左懋第为刑部尚书、杨文骢为刑部左侍郎、苏观生为刑部右侍郎；
路振飞为都察院左都御史、何腾蛟为都察院左副都御史；
刘正宗继任大理寺卿、郭维经继任大理寺少卿；
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李景廉为太仆寺正卿、林友兰为太仆寺少卿；
毕懋康为太常寺正卿、文安之为太常寺少卿；
王永吉为鸿胪寺正卿、李清为鸿胪寺少卿；
钱位坤为理藩院院使、堵胤锡为理藩院副使；
解学龙为通政院使、梁以樟为通政院副使；
余煌为翰林院学士；
黎元宽为詹事府詹事······