总督、巡抚这两个职务诞生的最初原因是因为作战的需要，但现在军政和军令分途了，显然总督和巡抚就不能直接指挥地方部队了，那万一出现问题怎么办，总不能干等着大都督府的命令和皇帝的圣旨吧？
朱由崧答道：“总督、巡抚身上兼着都察院的职务，对驻军有监察的权利和义务，这是不变的！至于地方上需要出动镇军，且来不及向朝廷请示的情况下，总督和巡抚可以移文给各道总兵官和副总兵官，在没有接到总督和巡抚移文或朝廷命令之前，各道总兵官和副总兵官概不准调动本道兵马！但要说明的是，总督和巡抚的移文不是命令，而是请求，若总兵官和副总兵官接到移文后，殆误战机的，那么兵部武选司有权处分该员；反之，若无大都督府指令或总督、巡抚移文的，总兵官或副总兵官调动兵马超过一定数量的，也要遭到处分。”
朱由崧认为军事训练在驻地及驻地附近的一定范围内可以进行，小规模演戏则需要事先向大都督府检阅司申请，所以和平情况下是不存在总兵、副总兵、防御超范围调动兵马的可能的，至于出了事情，首当其冲应该是防御及地方州县，因此防御的指挥范围内调动少量兵马也是可以的，但再多，就需要地方提请了。
“至于兵备使这边，召集的应役兵将由各道送往大都督府在叙州、固原等处的训练所训练，训练完成后再打散分配给京营、边军及各道镇戎兵马；地方武库在没有兵部指令或总督、巡抚的特别命令下也不会交接给各道镇兵；恤抚是跟地方官府打交道，也不跟各道总兵、副总兵有瓜葛；唯有确保驻军粮秣军饷以及检核驻军武备等方面有联系，但前者实际充当驻军与地方官府之沟通渠道，后者则是领受兵部命令行事；所以即便兵备使的级别要低于总兵官、副总兵官，对接也不是总兵官或副总兵官本人，但兵备使与总兵官、副总兵官之间是没有隶属关系，也没有上下之别的。”
孙传庭一皱眉：“这样容易出现扯皮的事情！”
“不是还有总督和巡抚镇着嘛，他们身上兼的右副都御史、右佥都御史的职务可不是白兼的。”朱由崧说到这，停顿了一下，似乎是觉得有什么不对，但最后还是没有修正，而是继续说道。“原则上，内地不设总督，边地设蓟州永平顺天、宣府大同偏关、榆林宁夏靖虏卫、云贵四总督。”
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孙传庭点了点头：“陛下的方案臣是看不出有什么问题的，要不讨论地方官制时，再征询一下各地官员的意见？”
朱由崧同意道：“可以！”
朱由崧的话音未落，一名内侍急匆匆的跑了过来：“皇爷，东宫急报，太子妃要生产了！”
朱由崧大喜，然后问道：“太子回去了？”
内侍回复道：“已经回去了！”
“好，有什么消息，急速来报······”