说到这，朱由崧吩咐道：“马士英、孙传庭、张国维、王灿成留下，其余各卿可以告退了！卢九德也留下！”
大学士王铎、司礼监第一秉笔李谙以下内外各臣听罢，当即拜退，等王铎他们离开了，朱由崧起身到后面换了衣服、上了厕所，然后去到了地方略小一些的偏殿坐下，这才让内侍把马士英几人叫了进来。
待几人走进偏殿后，朱由崧一边喝水一边说道：“熙宁变法前搞了个制置三司条例司来推行改革，朕也算是如法效仿，且建一个军机处来完成对六部五寺的改造。”
马士英敏锐的觉察到了什么，便向朱由崧询问道：“陛下，军机处未来会长久存在吗？”
朱由崧想了想，答道：“待官制更定后，便会取消，所以卿等可以放心，朕不会用军机处架空内阁的。”
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朱由崧不需要只会磕头的大臣，所以他不会用军机处来取代内阁。
马士英松了口气：“陛下圣明！”
朱由崧笑了笑，冲着内侍吩咐道：“赐马先生、孙先生、张卿坐！”
马士英、孙传庭、张国维三人谢恩后坐下。
朱由崧又喝了口水，这才往下说道：“马先生是内阁首辅，事务繁重，军机处的事务不会参与很多，内阁这边就由孙先生作为主要参与者，张卿是代表吏部、王灿成是代表吏科，诸卿要精诚合作，才能快速的推进官制改革，而官制改革完成的越快，那么对朝局的冲击就越小，越方便稳定局势和人心！”
四人齐声应道：“臣等明白该怎么做的！”
“当然，军机处不仅仅是你们四人在运作，翰林院要加进来、吏科整体也要加进来！朕之前说得改制后的詹事府也要参与进来！”
马士英听明白了：“陛下的意思是，第一个要改制的是詹事府！”
“没错，”朱由崧点点头。“当然，翰林院也要根据朕说的意思动一动。”
翰林院的中高层都升了品阶，自然人也要换一圈了。
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“另外，翰林院也好、詹事府也罢，都是提供参考意见的，你们可以听，可以不听。”这里说的你们，实际是朱由崧本人，毕竟，最终决策者只能是朱由崧本人，而军机处这边只是提供初步草案罢了。“还有就是，为了尽快推进官制改革，卿等应该先易后难。”
朱由崧举例道：“大理寺、刑部这两者，朕之前虽然已经裁定了各自权限，但依旧分的不是很明确，譬如朕以为刑部应该负责捕盗、刑狱、修订律法、管理讼师等事务，并且不宜再按布政司数目设置清吏司，籍此分别负责各省刑名事务，或可合并设立捕盗清吏司、刑狱清吏司、律政清吏司等，另外还应该设立管理部务的司务厅、管理档案的档案房、负责刑部官员培训的教育处、负责与各部尤其是与户部联系的交际处等等，具体的名目和负责事项由军机处来定，但记住，宜细不宜粗······”