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等除京营以外的明军各部完成师、团、哨、棚的改制后，游击官实际成了参将的下属，或为某一防区的指挥官，或为非京营部队的团长、成为一线作战部队的指挥官。
也就是说，改制之后，游击官是战斗指挥官的天花板，而参将是战术指挥官的地板。
至于在五品游击官之下，实际还有六品都司、七品千总、八品把总、九品外委把总等四级八等，但这些中下级武官的等级太低了，并不需要纳入大都督府之下否则就有架空兵部的嫌疑了按正常停年晋升即可，只是，该职务流转的，还是要职务流转，籍此彻底清楚旧日各级主官视国家军队为私人所有的不良习气。
“不过关于此次改制，还有两个主要问题，其一是，舆图测绘司与兵部职方司之间军械制购司与兵部武库司之间，都有职权上有冲突，如何解决？其二是，水军到底是归入参军司统一备位咨询呢？还是单独设置一司为陛下提供咨询建议？”
是的，出于安抚兵部及文官集团的目的，所以暂时明军还将继续由兵部国防部统一指挥，至于大都督府参军司，目前则主要是作为为皇帝提供专业意见的咨询机构的面目出现的。
朱由崧想了想，回复道：“职方司确实有撤销的必要，不过不是现在，而是等战后朕整体调整官制的时候；至于船械司今后主要负责设计、研发各种武具，而兵部武库司主要负责监管船械的生产、采购、保存和发放，实际并不冲突。”
朱由崧答应考虑撤销兵部职方司，余龙也就不好在兵部武库司的问题上过分纠缠，便回应道：“陛下说的对，是臣等想差了。”
朱由崧当然知道余龙他们是没有想差，只不过争权夺利是政治人物的本能而已，所以见余龙妥协了，也就不做细谈，转而说起来另外一个问题：“是不是要设置独立的水军司，朕以为暂时不需要，毕竟目前内河水师和近海水师已经全部转入各道总兵、副总兵麾下了，参军司怎么可能不统一分管呢？而外洋水师嘛，参军司想管眼下也管不了的。”
没错，外洋水师要么是隶属于御马监名下，要么是半独立性质的，所以，参军司根本管不到，而内河及近海水师已经分属各道镇戎兵马了，又岂是说分割出来就分割出来的，那样会打乱指挥层级，导致政出多门的。
余龙应道：“原来如此，臣明白该怎么做了！”
朱由崧放下手中的报告：“若是没有其他什么，朕以为就此施行吧······”