长江方面目前设置了操江和巡江两个水师，其中操江水师又分黄蜚统帅的夷陵水师和郑鸿逵统帅的镇江水师，不过受到湖广、四川两省已无战事的影响，前者已经削减为6个营80条船，总兵力3600人船，后者只有3个营40条船，总兵力2100人船。
至于巡江水师则分为荆州、岳州、汉口、富池口、湖口、安庆、太平、仪征、江阴、狼山、吴淞和太湖等12营，每营按15条船500人计，总兵力是6000人船。
珠江方面目前设置有巡江水师，共有新会、横琴、夹洲、枭洲、长洲、马口、博罗、金沙围、云浮、梧州、桂平等11个营，每个营的兵力从400到800人不等、拥有船只1030只，全水师总兵力是6600人船。
黄河方面，目前设置了巡河水师，下设有清河、梁家寨、赵皮寨、孙家渡、孟津渡等五个营，每营20艘船800官兵，合计4000人船但该水师随时可以得到漕军方面的支援，实际可用船只远超100条。
川江方面，目前设置了重庆、叙州宜宾两个水师营，每营各1000水兵，大小船只30余艘。
漕军方面，为了维持黄河前线及郧阳、兴安前线的作战所需，设立有运河和襄阳两支水师，前者编制8个营，每营30条漕船600船夫，合计是4800人船；后者编制5个营，每营25条漕船500船夫，合计2500人船。
这些水师部队或肩负地方治安巡逻、防止走私，或用来确保前线需要以及战备任务，因此已经是削无可削了；因此对于兵部和户部来说，唯一能动手裁减的是沿海水师。
尤其是在琼州、济州、小琉球三大外洋水师已经牢牢掌握中国海岸线的制海权后，诸如福建水师、浙江水师的存在便显得有些鸡肋了。
在朱由崧的示意下，时任兵部尚书张缙彦出列言道：“如今军需浩大，户部难以维系，是故为减少岁支，经户部与兵部会商，以为沿海卫所及浙江、福建水师必需加以整顿裁撤。”
说起来兵部是宁愿撤了浙江和福建水师，也不愿意撤销沿海卫所、把卫所的辖地移交给吏部设县的，但一方面是户部的压力，另一方面是宫廷的暗示，再加上新《爵律施行以来，爵职分离，卫所官已经对自身所在的卫所失去了影响力，因此，早就有心修正卫所制度不利一面的兵部这才略有些不甘心的，同意撤废沿海卫所，将卫所所在地转为民县。
将卫所转为普通的民县科不是说说那么简单的，这不但标志着军户摆脱农奴身份，更能厘清行政体系，让文官接手施政，是文官集团欢迎、武官们反对的一种进步，但既然朱由崧和张缙彦在朝会上一唱一和，这就说明这件事已经定下来了，所以，在朝会上根本没有话语权的大都督府都督、都督同知、都督佥事们自然就只能眼观鼻鼻观心的用沉默表示对抗是的，朱由崧现在所作的就是携手文官集团摧毁旧的武官集团，打破武官门阀化，及武官对地方、对军户的控制，从而为新武官集团的出现保驾护航；至于文官集团，朱由崧在陆续收拾了宗室、勋贵、武官后，自然就轮到他们了。
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