二十六日令撤销曹锟、吴佩孚等处分。批准京师警察总监吴炳湘辞职，派殷鸿寿继任。
二十八日准督办边防事务兼管理将军府事务段祺瑞辞职。令裁撤督办边防事务处。令撤销西北军名义。
二十九日派昭武上将军、热河都统姜桂题兼管将军府事务。
按惯例对战败方要惩办祸首，但名单迟迟没公布。据说名单内有曹汝霖、陆宗舆二人，因为这两位是经手向日本借款的人，陆宗舆在直皖开战前还垫付了定国军（段军）一笔军费。可是，曹、陆两人的名字在徐世昌笔下删除了。
江苏督军李纯电请将王揖唐加入祸首，湖北督军王占元也请求把吴光新加入，徐世昌认为这两个人都不在北京，没有直接参加战争，应当另案办理。
七月二十九日北京政.府下令通缉祸首：“国家大法，所以范围庶类，缅规干纪，邦有常刑。此次徐树铮等称兵畿辅，贻害闾阎。推原祸始，特因所属西北边防军队，有令交陆军部接收办理，始而蓄意把持，抗不交出。继而煽动军队，遽启兵端，甚至胁迫建威上将军段祺瑞，别立定国军名义，擅调队伍，占用军地军械，逾越法轨，咨逞私图。
曾毓隽、段芝贵等，互结党援，同恶相济，或参预密谋，躬亲兵事；或多方勾结，图扰公安，并有滥用职权，侵挪国帑情事，自非从严惩办，何以伸国法而昭炯戒？徐树铮、曾毓隽、段芝贵、丁士源、朱深、王郅隆、梁鸿志、姚震、李思浩、姚国桢等，着分别褫夺官职勋位勋章，由步军统领京师警察厅一体严缉，务获依法讯办。其政治交通等部款项，应责成该部切实彻查，呈候核夺。国家虽存宽大，而似此情罪显著，法律具在，断不能为之曲宥也，此令。”
若论祸首，第一当属段祺瑞，现在却成了受胁迫者。所谓“刑不上大夫”，从来如此，已见怪不怪。
奉军入京后曾到安福俱乐部去进行搜查，并将其查封。
八月四日，徐世昌下令解散安福俱乐部，同时声明：“除已有明令拿办诸人外，其余该部党员，苟非确有附乱证据者，概予免究。其各省区设有该部支部者，一律解散。”
这道命令引起曹锟、吴佩孚和长江三督的严重不满，于是，徐世昌于八月七日补发命令：“一、据江苏督军李纯电呈：王揖唐遣派党徒，携带金钱，勾煽江苏军警及缉私各营。并收买会匪，携带危险物，散布扬州镇江省城一带，以图扰乱，均有确凿证据，请拿交法庭惩办等语。王揖唐经派充总代表职务，至为重要，乃竟勾煽军警，多方图乱，实属大干法纪，除已由国务院撤销总代表外，着即褫夺军官，暨所得勋位勋章，由京外各军民长官饬属一体严缉务获，依法惩办，此令。”
“二、前以安福俱乐部为构乱机关，业有令实行解散，所有籍隶该俱乐部之方枢、光云锦、康士铎、郑万瞻、臧荫松、张宣或多方勾煽，赞助奸谋，或淆乱是非，潜图不逞，均属附乱有据，着分别褫夺官职勋章，一律严缉，务获惩办。其余该部党员，均查照前令，免予深究，务各濯磨砥砺，咸与维新。此令。”